在生物化学领域中，辅基是一个重要的概念，它常常与酶的活性密切相关。辅基是指那些紧密结合于酶分子上，对于维持酶活性至关重要的非蛋白质部分。这些辅基可以是金属离子、有机小分子或者是更为复杂的结构。

当我们讨论辅基时，通常会提到底物。底物是酶促反应中的起始物质，它们通过与酶的活性位点相互作用而被转化为产物。然而，辅基不仅仅是底物那么简单。辅基还可能包含一些特殊的成分，这些成分能够帮助稳定酶的构象，或者直接参与到化学反应的过程中。

那么，除了底物之外，辅基还包括什么呢？这取决于具体的酶种类及其功能需求。例如，在某些情况下，辅基可能是某种特定的维生素衍生物，如硫胺素焦磷酸（TPP），它是转酮醇酶的重要组成部分；又或者，它可能是金属离子，比如锌离子对于许多脱氢酶的重要性。

此外，辅基也可能是一些复杂的大分子，例如辅酶A（CoA）。辅酶A是一种含有泛酸的硫酯化合物，在脂肪酸合成及氧化过程中发挥关键作用。它不仅作为底物参与反应，同时也提供了一个灵活的手臂来携带酰基中间体。

因此，当我们说“辅基包括底物和什么”的时候，实际上是在探讨一个更广泛的话题——即不同类型的酶如何利用各种各样的辅助因子来执行其独特的生物学功能。每种酶都有其特定的需求，这就决定了它们所使用的辅基类型。理解这一点有助于我们更好地认识生命活动中发生的复杂化学变化，并为开发新的药物或改进现有疗法提供了理论基础。